安全运行是核电站的“生命”。秦山核电公司依靠持续的技术改造和设备整治，不断提高系统可靠性。公司总经理何小剑介绍说，秦山核电站共进行有记录的技改1919项，平均不到3天就上马一个新的技改项目。
持续的技术改造使电站的运行性能不断改善。2001年以来，秦山核电站在第六、七、八个燃料循环中分别创造了331天、443天和448天的当时国内连续运行最好纪录。为确保运行安全，秦山核电站建有完善的辐射防护和三废管理体系，15年来排放物核素含量最高的仅为国家规定标准限值的百分之二，最低的仅为标准限值的十万分之几。
秦山核电站良好的运行性能得到了国际权威机构的认可。世界核电运行联合会(WANO)从安全系统性能、集体辐射剂量、工业安全事故率等十个方面，对全球范围内的核电站进行综合评价的结果表明，目前秦山核电站运行综合性能已进入全球同类型260座压水堆核电站的“第一方阵”，安全系统性能已接近世界先进水平。
